Este trabajo analiza el efecto de las innovaciones que se realizan en los sistemas de control de la gestion de los costos, en el rendimiento de las empresas industriales manufactureras de la ciudad de Merida, Yucatan, durante el trienio 2008-2010. Se estudia especificamente la relacion que existe entre el uso de la contabilidad de los costos (modernos y tradicionales) y el rendimiento en dichas empresas. Se realizo un estudio empirico con una muestra de 189 pymes, en el que se recolecto informacion a traves de una entrevista a los gerentes. Dicha informacion se analizo con tecnicas multivariantes. Los resultados mostraron que el sistema tradicional de costo es mas usado que el moderno y que el uso de sistemas modernos no incrementa el rendimiento. palabras clave: innovacion, pymes, rendimiento, sistemas y gestion de costos.