Se examinó la distribución estacional de las macroalgas marinas y las variables de los microhábitats (temperatura, salinidad, pH, oxígeno disuelto y tipo de sustrato) en dos áreas Naturales Protegidas de la costa Norte de la Península de Yucatán, de noviembre de 2005 a julio de 2006. Se muestrearon seis estaciones en el Palmar y cuatro en Dzilam. Se registraron un total de 64 especies, 54 para El Palmar y 45 para Dzilam. La similitud entre las dos ANP´s resultó baja (< 50 %). La mayor abundancia en El Palmar se presentó durante la época de seca-fría, mientras que en Dzilam fue en la de lluvias. Las condiciones ambientales entre las localidades fueron semejantes y lo que varió fue el sustrato, por lo que se considera que el parámetro que condiciona la presencia de las especies en estas zonas es el tipo de sustrato disponible para su fijación.